學校可於本網頁申請註冊，註冊成功後應先選定欲認證之等級，並於執行期間，依銅級、銀級或綠旗獎等不同等級之認證條件，完成生態學校七大步驟相關事項後，上傳成果文件，以提供後續審查；所申請之認證等級為綠旗獎時，則另必須配合環保署到校進行現場審查，確認書面文內容與現場情形一致。