請至EEIS系統依照以下流程進行操作，首頁→相關申請→補（捐）助→補（捐）助申請→點選欲申請類別，即可開始申請作業。
請至EEIS系統依照以下流程進行操作，首頁→補（捐）助→補（捐）助申請→補助案件成果上傳，輸入申請補助計畫時系統所核發之案件案號以及當初所填寫之聯絡人電子信箱，即可開始上傳作業。
請至首頁點選訊息公告→下載專區→環境教育基金補助計畫申請，即可下載相關文件。
進行年度業務計畫及財務報告上傳時，考量資料量較多及上傳過程中可能會傳送失敗，針對此部分的功能設計可將資料先上傳，待確認資料無誤之後，再將資料送出。資料於系統上傳之後，系統會自動寄一封通知信，告知聯絡人資料已上傳成功。
系統提供4種申請類別，分別為民間團體及學校、直轄市及縣(市政府)、環境教育機構及環境教育設施場所。 民間團體及學校需先至本署預算會計暨財務管理資訊整合平台申請，再轉至本系統進行後續資料填寫，直轄市及縣(市政府)直接從首頁→相關申請→補（捐）助→補（捐）助申請→點選欲申請類別即可。而環境教育機構及環境教育設施場所需至環境教育認證申辦系統申請。
本系統在填寫成果申報活動明細的設計上並非完成單筆活動就按「完成申報」按鍵，故請確定貴單位該年度所有環教活動皆已進行填寫並修改完畢後，才進行「完成申報」功能，否則一旦送出就無法作資料更動。若誤按「完成申報」送出功能，而需解除鎖定，煩請寄送信件至ourftp.eeis@gmail.com，客服人員將在3天內解除鎖定功能。
申請補助資料一旦經由系統送出後，均須由署內承辦業務人員進行審查，如須修改或補正資料，系統將寄信至聯絡人電子信箱，並請至EEIS系統依照以下流程進行操作，首頁→相關申請→補（捐）助→補（捐）助申請→補助案件查詢及管理，輸入申請補助計畫時系統所核發之案件案號以及當初所填寫之聯絡人電子信箱，即可開始補正申請補助資料作業。
系統設定密碼至少要12碼以上。建議使用英文加數字，不要將密碼設計過於簡單。
為有效控管所有使用者上傳的效能，因此規範上傳檔案數量，每筆活動可上傳五筆資料，若需上傳之文件超過五筆，建議可將檔案做整併(如將數張照片整理成一份pdf)，如此便能在有效的檔案數量內完成上傳證明文件的工作。
請至EEIS系統依照以下流程進行操作，首頁→相關申請→補（捐）助→補（捐）助申請→補助案件查詢及管理，輸入您的申請案號及申請人電子信箱，即可查詢案件最新審查進度。
若忘記申請補助案號，請點選「忘記案件案號點此」，輸入您的電子信箱，系統會寄送電子郵件至您申請時所留資料，告知您所申請的案件案號。
因承辦業務人員時常有更換的情形，將資料上傳於系統，可將歷年申請及上傳資料作歷程記錄，即便更換業務人員，亦可進入系統查詢，並可瞭解是否已上傳相關規定資料。
